《洞洞杂货店》是一部以“遗憾”为主题的治愈奇幻漫画。与《洞洞杂货铺》不同，这家店名为“洞洞”，其老板是一位能看见他人内心“空洞”的盲眼老人。他经营的店铺不出售实物，只“修补”遗憾。顾客支付的不是金钱，而是关于遗憾的“记忆碎片”。店主会用这些碎片编织成星沙，作为修补下一个空洞的原料。少女小满为了寻找去世母亲留下的记忆，来到这家店，并成为了店主的助手，在见证他人遗憾的同时，也拼凑着关于自己的真相。
小满终于得知，店主并非天生盲眼，他的眼睛是献祭给了“洞洞杂货店”，以换取看见他人空洞的能力。而他自己最大的空洞，就是忘记了爱人的样貌，因为他用那份记忆，修补了第一个顾客的遗憾。
一个老奶奶来修补遗憾，她年轻时暗恋一个邮差，直到邮差去世都没表白。她支付了那份“酸涩的暗恋记忆”，店主将其织入星沙，放入了一个空瓶。小满发现，老奶奶现在每天都会笑着给邮差写信烧掉。
一位钢琴家因手伤无法演奏，这是他最大的空洞。他支付了“第一次登台的紧张感”作为代价。店主修复后，他虽无法弹琴，却成为了最出色的指挥家，因为他找回了对音乐纯粹的热爱。
一个孩子来修补遗憾，他弄丢了最心爱的狗。他支付了“找到狗的决心”。店主给了他一个指南针，指针指向的是孩子和狗最初相遇的公园。最终孩子在那里收养了一只新的流浪狗，明白了爱可以延续。
小满因为想念去世的母亲，来到杂货店希望找回关于母亲的记忆。店主说：“我可以修补空洞，但不能无中生有。你是否愿意用你的‘现在’，去交换你不知道的‘过去’？”小满犹豫了。
小满在一个雨夜误入一家名为“洞洞”的破旧杂货店。店里没有商品，只有一墙发光的玻璃瓶。盲眼店主“看”着她，准确地说出了她心底的空洞：“你心里缺了一块，是母亲的温度。”